Makat çatlağı tedavisi için hangi yöntemin uygulanması gerektiğine karar verilirken bazı morfolojik özellikler dikkate alınır ve basit basınç ölçümleri ile karşılaştırılır. Bazı hastalarda anal fissür altta yatan başka hastalıklara işaret ettiğinden kişi kronik kabızlık, iltihabi bağırsak hastalıkları, kadınlarda rektosel (fıtık) gibi önemli hastalıklar açısından değerlendirilir.
Tedavi yöntemi olarak nitratlı ya da bitkisel kremler ile cerrahi tedaviler kullanılabilir. Makat çatlağının kronik ya da akut olmasına göre değişkenlik gösterebilen tedaviler sonrasında gerekli olursa biofeedback (yeniden bağırsak eğitimi) uygulanır. Bu sayede dışkılama fizyolojisinin düzenlenmesi hedeflenir.